Function that prepares exchange indexes for a given sequence

prepareIndexes(res)

Arguments

res: An object of class DataFrame containing the results of the hdx-ms experiment

Value

Returns exchange indexes as a list

Examples

data("BRD4_apo")
BRD4_apo <- DataFrame(BRD4_apo)

prepareIndexes(res = BRD4_apo)
#> [[1]]
#>  [1]  3  4  5  6  8  9 10 11 12 13 14 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
#> 
#> [[2]]
#>  [1]  8  9 10 11 12 13 14 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
#> 
#> [[3]]
#>  [1] 14 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
#> 
#> [[4]]
#>  [1] 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
#> 
#> [[5]]
#>  [1] 29 30 31 32 33 34 36 38 39 40
#> 
#> [[6]]
#>  [1] 43 44 49 50 51 52 54 55 57 58 59 60 61 62 63
#> 
#> [[7]]
#>  [1] 43 44 49 50 51 52 54 55 57 58 59 60 61 62 63 64 65
#> 
#> [[8]]
#> [1] 68 69 70 71 72
#> 
#> [[9]]
#> [1] 70 71 72 73 74
#> 
#> [[10]]
#> [1] 71 72 73 74 75 76 77 78
#> 
#> [[11]]
#>  [1] 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 83 84 85 87 88
#> 
#> [[12]]
#>  [1] 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 83 84 85 87 88 89 90 91
#> 
#> [[13]]
#>  [1] 77 78 79 80 81 83 84 85 87 88 89 90 91
#> 
#> [[14]]
#> [1] 80 81 83 84 85 87 88
#> 
#> [[15]]
#>  [1] 80 81 83 84 85 87 88 89 90 91
#> 
#> [[16]]
#> [1] 81 83 84 85 87 88
#> 
#> [[17]]
#> [1] 81 83 84 85 87 88 89 90 91
#> 
#> [[18]]
#> [1] 84 85 87 88
#> 
#> [[19]]
#>  [1]  91  92  93  94  96  97  98  99 100 101 102
#> 
#> [[20]]
#>  [1]  91  92  93  94  96  97  98  99 100 101 102 103 105 106
#> 
#> [[21]]
#> [1] 94 96 97 98 99
#> 
#> [[22]]
#> [1]  94  96  97  98  99 100 101 102
#> 
#> [[23]]
#>  [1]  94  96  97  98  99 100 101 102 103 105 106
#> 
#> [[24]]
#>  [1]  94  96  97  98  99 100 101 102 103 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114
#> [20] 115 116 117
#> 
#> [[25]]
#> [1]  96  97  98  99 100 101 102
#> 
#> [[26]]
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#> 
#> [[27]]
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#> 
#> [[28]]
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#> 
#> [[29]]
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#> 
#> [[30]]
#> [1] 105 106 107 108 109 110 111 112 113
#> 
#> [[31]]
#>  [1] 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114
#> 
#> [[32]]
#>  [1] 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116
#> 
#> [[33]]
#>  [1] 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117
#> 
#> [[34]]
#>  [1] 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118
#> 
#> [[35]]
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#> [20] 124
#> 
#> [[36]]
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#> [20] 124 125
#> 
#> [[37]]
#> [1] 109 110 111 112 113
#> 
#> [[38]]
#> [1] 109 110 111 112 113 114 115 116
#> 
#> [[39]]
#> [1] 109 110 111 112 113 114 115 116 117
#> 
#> [[40]]
#>  [1] 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118
#> 
#> [[41]]
#> [1] 116 117 118 119 120 121 122 123 124
#> 
#> [[42]]
#>  [1] 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125
#> 
#> [[43]]
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#> 
#> [[44]]
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#> 
#> [[45]]
#> [1] 127 128 129 130 131 132
#> 
#> [[46]]
#> [1] 128 129 130 131 132
#> 
#> [[47]]
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#> 
#> [[48]]
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#> 
#> [[49]]
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#> 
#> [[50]]
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#> 
#> [[51]]
#> [1] 150 151 152 153 154 155
#> 
#> [[52]]
#> [1] 151 152 153 154 155
#> 
#> [[53]]
#> [1] 151 152 153 154 155 156
#> 
#> [[54]]
#> [1] 152 153 154 155 156
#> 
#> [[55]]
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#> [[56]]
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#> 
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#> 
#> [[58]]
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#> [[59]]
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#> 
#> [[60]]
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#> 
#> [[61]]
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#> 
#> [[62]]
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#> 
#> [[63]]
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#> 
#> [[64]]
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#> 
#> [[65]]
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#> 
#> [[67]]
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#> 
#> [[68]]
#> [1] 385 386 387 388 389 390
#> 
#> [[69]]
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#> 
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#> 
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#> 
#> [[82]]
#>  [1] 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424
#> 
#> [[83]]
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#> 
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#> [[99]]
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#> 
#> [[100]]
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#> 
#> [[101]]
#>  [1] 455 456 457 459 460 462 463 465 466 467
#> 
#> [[102]]
#> [1] 456 457 459 460 462 463 465 466 467
#> 
#> [[103]]
#>  [1] 456 457 459 460 462 463 465 466 467 468 469 470 472 473 477
#> 
#> [[104]]
#> [1] 470 472 473 477
#>